工程款纠纷的处理方式：
1.和解。如果承包人与发包人就工程款纠纷达成和解的，可以进行和解；
2.仲裁。承包人与发包人有约定仲裁条款的，可以仲裁解决；
3.诉讼。承包人也可以向法院申请对建设工程进行折价拍卖，但是不宜折价拍卖的除外，承包人对该拍卖款享有优先受偿权。
二、工程款纠纷诉讼时效为多久
工程款纠纷诉讼时效为三年，特殊情况可以申请适当延长。该诉讼时效自权利人知道或者应当知道权利受到损害之日起计算，自权利受到损害之日超过二十年的人民法院不予保护。
法律依据：《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
三、如何正确起诉工程款欠款纠纷
1.准确选择被告在提起诉讼之时只要选择发包人、承担连带责任保证担保方式的任何当事人，包括一人或几人作为被告或共同被告均可，选择的首要标准或前提条件是具有“支付能力”。
2.证据资料必须充分建设工程施工合同因为周期长、投资大，大多数为隐蔽工程及专业性强等原因，合同法律关系比较复杂，而且纠纷一旦产生，业主方常以质量、工期等进行反索赔抗辩，更加增加了诉讼的难度，所以我们在诉讼前必须花最大的精力收集、整理、分析证据资料，站在被告的、法官的角度多层次、多方位地进行全面分析，做到“知己知彼”，切忌盲目起诉。
3.准确合理的诉讼请求，为保障诉讼后利益的最大化，当事人提起拖欠承包工程款诉讼请求时，尽量同时提出拖欠承包工程款优先受偿权这一请求。